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नादेशिको ओतेमाची को एक आतंकी हमले में अपने परिवार को खो देना पड़ता है। कई साल बाद, वह नियो टोक्यो की रक्षा करने में मदद करने के लिए एक सैन्य स्कूल में दाखिला लेती है। एक असहज स्थिति से बचने के लिए, वह स्कूल के शीर्ष छात्रों के लिए एक कार्यक्रम, एस क्लास में शामिल होने का विकल्प चुनती है। हालांकि, एस क्लास और इसके उच्च पदस्थ सदस्य उसकी अपेक्षाओं से अलग निकलते हैं।