SSS!

南町菜々子はテロ攻撃によって家族を失う。数年後、彼女はネオ東京を守るため、軍事学校に入学する。不都合な事態を避けるため、彼女は学校のトップクラスの生徒を集めるSクラスに所属することを決める。しかし、Sクラスおよびその上級生たちの姿は、彼女が予想していたものとは大きく異なる。