Ep. 25: Para bersaudara mengejar Scar bersama Winry sementara Hughes menyelidiki keterkaitan perang Ishbal dan menghadapi penyergapan mematikan.
Para bersaudara memutuskan untuk mengikuti Scar guna menemukan petunjuk tentang batu filsuf, membawa Winry karena Rush Valley, sebuah kota yang terkenal dengan toko-toko automail, terletak di jalur mereka. Sementara itu, Hughes menyelidiki laboratorium kelima dan menemukan hubungan dengan perang Ishbal. Ia menghadapi tersangka Juliet Douglas namun diserang oleh Lust. Setelah melarikan diri dari kedua wanita tersebut, Hughes mencoba menghubungi Mustang dari bilik telepon tetapi disergap oleh Envy, yang pertama-tama menyamar sebagai Ross lalu mengambil bentuk Gracia untuk membunuhnya. Hughes dipromosikan secara anumerta menjadi brigadir jenderal. Sebuah kilas balik mengungkapkan bahwa Mustang dan Hughes sebelumnya telah bersekongkol untuk mencegah tragedi Ishbal terulang.
Episode
- Ep. 21 · Scar turun tangan menyelamatkan Al, memicu ledakan Barry dan membebaskan Greed
- Ep. 22 · Hughes memimpin operasi penyelamatan militer untuk Elric sementara Envy menekan Ed untuk menciptakan batu filsuf
- Ep. 23 · Ed pulih dari luka laboratorium saat Winry mengunjungi Central untuk perbaikan automail.
- Ep. 24 · Alphonse melarikan diri setelah keheningan Ed, bertemu Scar dan pengungsi yang ditakuti oleh tentara bayaran.
- Ep. 25 · Para bersaudara mengejar Scar bersama Winry sementara Hughes menyelidiki keterkaitan perang Ishbal dan menghadapi penyergapan mematikan.
- Ep. 26 · Mustang menyelidiki pembunuhan Hughes sementara Izumi Curtis mencari saudara-saudara Elric di Central.
- Ep. 27 · Izumi menghadapi Edward dan Alphonse serta menyeret mereka kembali ke Dublith
- Ep. 28 · Izumi meninggalkan Edward dan Alphonse sendirian di Pulau Yock untuk merenung
- Ep. 29 · Seorang homunculus yang mentransmutasi tubuhnya sendiri terungkap sebagai anak laki-laki yang mengintai saudara Elric.