Ep. 9: Segai insegue Yahiro e Jun mentre Shu affronta rivelazioni personali e un'operazione letale della GHQ.

Segai e gli Anticorpi inseguono Yahiro e suo fratello Jun fino a un orfanotrofio, ma la coppia riesce a fuggire. Nel frattempo, Hare e Kanon discutono del cambiamento di personalità di Shu, spingendo Hare a trascorrere del tempo con lui. Il Maggiore Generale Yan interroga Haruka e Keido riguardo a un frammento di meteorite scomparso. Durante la loro uscita, Yahiro interrompe Hare e Shu, rivelando di essersi nascosto dopo l'incidente del Reparto di Isolamento. Shu decide di aiutare Jun a fuggire e contatta Ayase, ignaro che Segai li stia osservando. La GHQ invia Segai e Daryl per eliminare Jun. Accerchiato, Shu estrae il Void di Yahiro mentre l'Endlave di Daryl attacca con un'arma mirata ai Void. Il Virus dell'Apocalisse migra da Jun all'Endlave, causandone il malfunzionamento e l'attacco contro di loro. Shu trafigge la macchina, entrando nei ricordi di Jun, dove Jun spiega che il virus ha rivelato le tenebre nei cuori. Jun supplica Shu di ucciderlo per preservare i suoi ricordi affettuosi di Yahiro. Mentre l'Endlave schiaccia Yahiro, Shu recide il filo della vita di Jun. Yahiro si risveglia e scopre che Shu ha ucciso suo fratello, ignaro che Hare abbia assistito all'accaduto.

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