Ep. 20: Balks collega il server di Kamado a HOLON mentre Minene e Nishijima contrastano i suoi piani.

Yuki si fida di Yuno nonostante la rivelazione di Aru. Balks collega il server di Kamado a HOLON, un supercomputer che contiene tutti gli account dei cittadini, trasformandoli in apprendisti. Minene attacca Balks, ma il suo diario inverte la situazione. Nishijima, innamorato di Minene, distrugge il supercomputer, sebbene sia solo una parte del piano di Balks. Aru invia Hinata, Mao e Kousaka per assistere Minene e Nishijima nella distruzione delle restanti parti di HOLON. Minene scopre che il diario di Balks, il Watcher, può leggere le previsioni di altri Future Diaries. Deus rivela che Balks ha aiutato a progettare i diari per conferire potere divino. Il gruppo assalta HOLON, sovrascrivendo le previsioni per confondere Balks. Balks usa il diario della sua segretaria per catturare Hinata, Mao e Kousaka, ferire Minene e uccidere Nishijima. Yuki e Yuno salvano Minene, averla usata come esca per raggiungere Balks.
Episodi
- Ep. 16 · Aru manipola gli eventi per smascherare Kurou mentre Nishijima indaga su Kamado Ueshita
- Ep. 17 · Marco e Ai's tragic romance unfolds amidst the collapsing tower and Yuno's violent confrontation.
- Ep. 18 · Yuki affronta il senso di colpa del padre e decide di vincere il gioco di sopravvivenza dopo l'omicidio del genitore.
- Ep. 19 · Il sindaco Balks smaschera Yuno come detentrice dell'Undicesimo diario mentre Aru rivela la sua vera identità.
- Ep. 20 · Balks collega il server di Kamado a HOLON mentre Minene e Nishijima contrastano i suoi piani.
- Ep. 21 · Yuki e Yuno affrontano il sindaco Balks mentre Minene lo insegue e Yuno libera i prigionieri per uccidere Kamado
- Ep. 22 · Aru rivela la sua vera natura a Yuki mentre Yuno manipola gli eventi per eliminare i rivali.
- Ep. 23 · Yuki affronta Yuno dopo che Murmur rivela il suo patto di suicidio passato e i viaggi nel tempo.
- Ep. 24 · Yuno e Murmur fuggono in un terzo mondo mentre Minene e Yuki li inseguono.