Ep. 15: Itsuki, Helena e Isshiki vivono come studenti mentre Makoto ricorda di aver protetto una Bambola di Fango

Tre giovani bambini, Itsuki, Helena e Isshiki, vivono lì come studenti; Isshiki trova un Golem che vive nelle rovine sotto la villa e vuole proteggerlo. Si verifica un flashback al periodo in cui Makoto, Itsuki e Helena venivano allevati nella tenuta dei Bähbem. Makoto trova una Bambola di Fango sottoterra e decide di riportarla dai suoi genitori, sebbene Itsuki abbia dei dubbi e Helena sia contraria alla questione. Le forze armate vengono poi convocate per assassinare la Bambola di Fango, ma Makoto crea una barriera sonora per schermare il fuoco dei fucili. La Bambola di Fango si deteriora lentamente quando raggiunge l'esterno della tenuta, rattristando Makoto. Nel presente, Makoto ripensa a quel giorno, chiedendosi se un giorno avrebbe avuto la possibilità di incontrare i suoi genitori.
Episodi
- Ep. 11 · Ayato affronta il guasto ai sistemi di supporto vitale e incontri surreali mentre si confronta con il suo destino di strumentista del RahXephon.
- Ep. 12 · Quon scompare dall'ospedale mentre Ayato affronta un Dolem che minaccia il RahXephon.
- Ep. 13 · Indagine sulle origini di Quon e sull'esperimento del primo esemplare umano
- Ep. 14 · L'acquisizione aziendale di Quon e la scoperta da parte di Ayato delle sue origini muliane
- Ep. 15 · Itsuki, Helena e Isshiki vivono come studenti mentre Makoto ricorda di aver protetto una Bambola di Fango
- Ep. 16 · Ayato considera il ritorno a Tokyo Jupiter mentre affronta le verità nascoste sulla sua identità di Mulian.
- Ep. 17 · Elvy insegue Ayato e Quon mentre il RahXephon affronta le minacce dei Dolem a Tokyo Jupiter.
- Ep. 18 · Ayato e Hiroko fuggono da Tokyo Jupiter dopo la battaglia tra RahXephon e Dolem Falsetto
- Ep. 19 · Ayato fugge da Tokyo Jupiter mentre affronta il trauma della caccia di Vibrato e Futagami