Ep. 13: Indagine sulle origini di Quon e sull'esperimento del primo esemplare umano
In onda il 8 maggio 2002

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L'identità di Quon è avvolta nel mistero poiché Itsuki afferma che sia sua sorella, sebbene le prove suggeriscano il contrario. Sayoko si chiede come Quon sia apparsa insieme ad Ayato nel RahXephon, spingendo Haruka ad indagare mentre il suo passato viene scrutinato. Futagami mostra ad Haruka le cartelle mediche relative al primo esperimento sull'esemplare umano. Quella notte, Itsuki tenta di avvicinarsi ad Haruka, ma Ayato li interrompe. Quon percepisce un Dolem in orbita, rivelando il suo legame con Maya. Ayato pilota il RahXephon per perforare il Dolem, confermando che Quon era il soggetto del primo esperimento sull'esemplare umano.
Episodi
- Ep. 9 · Ayato e Quon visitano un misterioso santuario il primo dell'anno mentre Haruka li cerca.
- Ep. 10 · Quon suona una strana melodia mentre Kunugi cerca una chiusura per sua figlia Michiru
- Ep. 11 · Ayato affronta il guasto ai sistemi di supporto vitale e incontri surreali mentre si confronta con il suo destino di strumentista del RahXephon.
- Ep. 12 · Quon scompare dall'ospedale mentre Ayato affronta un Dolem che minaccia il RahXephon.
- Ep. 13 · Indagine sulle origini di Quon e sull'esperimento del primo esemplare umano
- Ep. 14 · L'acquisizione aziendale di Quon e la scoperta da parte di Ayato delle sue origini muliane
- Ep. 15 · Itsuki, Helena e Isshiki vivono come studenti mentre Makoto ricorda di aver protetto una Bambola di Fango
- Ep. 16 · Ayato considera il ritorno a Tokyo Jupiter mentre affronta le verità nascoste sulla sua identità di Mulian.
- Ep. 17 · Elvy insegue Ayato e Quon mentre il RahXephon affronta le minacce dei Dolem a Tokyo Jupiter.