Ep. 12: Quon scompare dall'ospedale mentre Ayato affronta un Dolem che minaccia il RahXephon.

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Quon entra in uno stato catatonico e viene ricoverata, ma scompare improvvisamente, dando inizio a una ricerca. Dopo che Itsuki e Sayoko lasciano il laboratorio, Quon si risveglia e fugge con Reika, con cui è legata attraverso i ricordi. Nel frattempo, Ayato cammina con Futagami, che gli mostra una foto di Maya come leader dei Mulians. Viene individuato un Dolem e Ayato viene inviato per trovarlo. Mentre il Dolem avvolge il RahXephon, Quon tende la mano verso un uovo nero simile a quello trovato da Ayato all'interno di Tokyo Jupiter, sebbene non si sia ancora completamente risvegliata. Ayato riesce a passare attraverso il Dolem e a tagliarlo a metà.