Ep. 12: Nagate affronta Benisuzume mentre la squadra di Samari si infiltra nella capsula Gauna per distruggere il Master Gauna.
Dopo l'impatto del raggio Heigus, i piloti danneggiati si riuniscono per sfondare la placenta nemica. Ren Honoka consegna a Nagate il suo proiettile finale per perforare il nucleo, al fine di sconfiggere Benisuzume e vendicare Hou, ritirandosi poi con l'unità 314. Nagate duella contro Benisuzume, perdendo i sensi finché Izana non lo salva, rimanendo però ferita lei stessa. Nagate spara la mano sinistra di Tsugumori, contenente il proiettile di Ren, per distruggere Benisuzume. Nel frattempo, la squadra di Samari entra nella capsula Gauna. Il pilota Kōichi Tsuruuchi utilizza il suo ultimo Heigus per rompere l'ultima barriera, permettendo al gruppo di distruggere il nucleo del Master Gauna. Samari, Seii e Tsuruuchi fuggono mentre un missile antipianeta distrugge il bersaglio. Su Sidonia, Ren ringrazia Nagate per aver vendicato Hou e rivela che lei e le sue sorelle hanno solo cinque anni a causa della crescita accelerata. Nagate visita Kunato, che intende dimettersi; Nagate esprime il desiderio di combattere al suo fianco nonostante i sentimenti irrisolti, ma Kunato se ne va senza rispondere. Nagate cerca poi la Placenta Shizuka, ignaro che ha lasciato il laboratorio.
Episodi
- Ep. 8 · Le squadre di Nakazono, Samari e Kunato combattono i Gauna mentre Nagate recupera un campione simile a Shizuka.
- Ep. 9 · Nagate stringe un legame con Placenta Shizuka mentre Kunato scopre segreti su Ochiai e i piani di terraformazione.
- Ep. 10 · Nagate indaga su ricerche proibite e pilota armi non testate contro una massiccia minaccia Gauna.
- Ep. 11 · Sidonia affronta il pod Gauna 542 mentre i piloti dispiegano 48 frame guardiani in una disperata strategia di evitamento collisione.
- Ep. 12 · Nagate affronta Benisuzume mentre la squadra di Samari si infiltra nella capsula Gauna per distruggere il Master Gauna.