Ep. 9: Nagate stringe un legame con Placenta Shizuka mentre Kunato scopre segreti su Ochiai e i piani di terraformazione.

La narrazione si sposta dal passato, dove il Dottor Yure riporta la popolazione di Sidonia a 500.000 in 100 anni, al presente. Nagate e Izana osservano Placenta Shizuka, una placenta Gauna che assomiglia a Shizuka. Lo scienziato Numi Tahiro testa l'interazione di Nagate con l'entità, che inizialmente reagisce violentemente ma diventa gradualmente meno ostile mentre Nagate comunica con essa. Nel frattempo, Kunato, essendosi ritirato dal pilotaggio a causa di disagi psicologici, assiste il Capitano Kobayashi, il Dottor Yure e il clone di Ochiai mentre accedono al cervello ausiliario. Kunato scopre le ambizioni passate di Ochiai attraverso le riprese di sicurezza. Kobayashi prevede di trasferire i manifestanti pacifisti sul 7° pianeta nel sistema stellare di Lem se emergeranno 50.000 volontari. Nagate, promosso a capo squadra, ottiene vittorie contro i Gauna, incluso un Guana di classe H-1 492. Alla fine accetta una vacanza con Izana. Numi scopre che Placenta Shizuka fissa con paura il sito di stoccaggio del kabizashi, una posizione osservata anche da Benisuzume in lontananza.

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