Ep. 10: Nagate indaga su ricerche proibite e pilota armi non testate contro una massiccia minaccia Gauna.

Nagate, Izana e Yuhata visitano una locanda dove Nagate riconosce il capitano Kobayashi come locandiere. Yuhata condivide informazioni sulla ricerca condannata di Ochiai, portando il trio in una struttura classificata. Vengono sedati dalla sicurezza e Nagate incontra Yure, che conferma che Ochiai ha creato un ibrido Gauna-Umano. Questo ibrido produce kabi artificiale per distruggere i Gauna, riducendo la dipendenza da Kabizahi. Sia l'ibrido che Kabizahi emettono radiazioni che attirano i Gauna a Sidonia. Kobayashi nomina Nagate pilota di prova per le nuove armi. Kunato scopre una porta proibita. Nagate torna alla locanda con compagni amnesici. Una nave di colonizzazione pacifista parte, affermando che i Gauna evitano gli umani disarmati. Nagate si allena alla Toha Heavy Industries utilizzando il vecchio simulatore di suo nonno. Quando il Gauna 541 intercetta la nave, Nagate si offre volontario per pilotare prototipi non testati privi di stabilizzazione. Distrugge il Gauna dopo essersi ripreso dal rinculo. Più tardi, Izana diventa pilota e teme la sua breve durata di vita, fuggendo in preda alla disperazione prima che Nagate la salvi. Un'enorme capsula Gauna, grande 8.000 volte Sidonia, si avvicina.

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