Irregular Hunter X: The Day of Sigma

21世紀、ドクター・ケインがドクター・ライトの研究所を再発見したことをきっかけに、レプリロイドが広く普及するようになります。その研究所は、レプリロイドであるメガマンXの誕生をもたらしました。Xはマーベイク・ハンターズのメンバーとなり、ゼロとともに指揮官シグマの下で活動します。ゼロは部隊のリーダーとしての役割を果たしています。彼らの任務は、暴走したレプリロイドを排除することです。