Irregular Hunter X: The Day of Sigma

21세기, 케인 박사는 라이트 박사의 연구소를 재발견하게 되고, 이로 인해 메가맨 X라는 리플로이드가 탄생한다. X는 메이비크 헌터스에 가입하게 되며, 장교 시그마의 지휘 하에 제로와 함께 작전을 수행한다. 그들의 임무는 폭력적인 행위로 돌변한 놀그 리플로이드들을 제거하는 것이다.