Irregular Hunter X: The Day of Sigma

21. yüzyılda, Dr. Cain, Dr. Light’in laboratuvarını yeniden keşfetmesiyle reploidler yaygın hale gelir. Bu keşif, Mega Man X adlı reploidin yaratılmasına ilham verir. X, Maverick Hunters adlı birliğe katılır ve birlik komutanı General Sigma'nın emri altında, birlik lideri sıfatıyla görev yapan Zero ile birlikte çalışır. Görevleri, saldırgan hale gelen kaçak reploidleri ortadan kaldırmaktır.