Kidou Senkan Nadesico: The prince of darkness

「マーティアン・サクセサー・ナデシコ」の出来事から2年後、アキトとユリカは行方不明となっている。木星人と地球人は同盟を結び、ルリはナデシコBを指揮している。ボソンジャンピングが広まり、チュリップのポートを活用した交通システム「ヒサゴ計画」が、ボース粒子とその可能性を探るためのものとして設けられた。しかし、その知識が悪用される懸念も生じている。火星の一部勢力が攻撃を開始し、連合軍を混乱と圧倒に陥れる。これに対し、元のナデシコ乗組員が再編成され、災厄を防ぐための機密作戦に投入される。ボソン技術を巡る戦いの行方は未だ不確実であり、アキトとユリカの運命も明らかではない。