Kidou Senkan Nadesico: The prince of darkness

"Martian Successor Nadesico" olaylarından iki yıl sonra Akito ve Yurika'nın kaybolduğu öğrenilir. Jüpiterliler ve Yerliler bir ittifak kurmuş, Ruri artık Nadesico B'yi komuta etmektedir. Boson Atlamaları giderek daha popüler hale gelirken, Chulip kapıları kullanılarak Bose parçacıklarını ve potansiyellerini araştırmak amacıyla Hisago Planı adında bir ulaşım sistemi oluşturulmuştur. Bu bilginin kötüye kullanılması konusunda endişeler doğmuştur. Bir Marslı kolu, Birleşik Kuvvetleri kararsız ve yorgun hale getiren bir saldırı başlatır. Bu duruma karşı, orijinal Nadesico ekibi, felaketi önlemek için gizli bir görevde yeniden harekete geçirilir. Boson teknolojisi için geçen mücadelede ne sonucun ne de Akito ve Yurika'nın kaderinin ne olacağını kimse bilmez.