Pocket Monsters Advanced Generation: Pokémon Ranger to Umi no Ouji Manaphy

あるグループの旅人が、荒廃した砂漠地帯に取り残され、マリナーチームのパフォーマーに出会います。その人物は、水の神殿アクアシャと呼ばれる神殿、そして隠された宝物であるウォーターコラの伝説を語ります。ウォーター型のポケモンで「海の王子」と呼ばれるマナフィの卵を神殿に届けるというミッションを遂行するレンジャーのジャッキーが登場します。グループはジャッキーとともにこの任務に参加し、ウォーターコラを世界支配のために狙う海賊のファントムと対峙します。ファントムは巨大な潜水艦と高度な技術を駆使して攻撃を仕掛け、ロケット団もこの出来事に関与します。ジャッキーはキャプチャースタイラーを使ってポケモンの力を一時的に引き出し、それらの攻撃を防衛します。戦闘の最中、卵は孵化し、マナフィが現れます。グループは今やウォーターコラの秘密を解明し、マナフィを守りながら水の神殿アクアシャへと旅を進めていかなければなりません。