Pocket Monsters Advanced Generation: Pokémon Ranger to Umi no Ouji Manaphy

กลุ่มผู้เดินทางติดอยู่ในพื้นที่แห้งแล้งและได้พบกับนักแสดงจากคณะละครเรือ Mariner Troupe ซึ่งเล่าถึงตำนานว่าด้วยวิหารน้ำ Akuusha และสมบัติลับที่เรียกว่า มงกุฎน้ำ แจ๊คกี้ นักล่าผู้หนึ่งกำลังมุ่งมั่นที่จะส่งไข่ของมานาฟี โปเกมอนธาตุน้ำและ "เจ้าชายแห่งทะเล" ไปยังวิหารน้ำดังกล่าว กลุ่มคนเหล่านี้จึงร่วมมือกับแจ๊คกี้ในการเดินทางนี้ โดยต้องเผชิญหน้ากับโจรสลัดชื่อฟันตัม ผู้ต้องการมงกุฎน้ำเพื่อครอบครองโลก ฟันตัมโจมตีด้วยเรือดำน้ำขนาดใหญ่และเทคโนโลยีขั้นสูง และ Rocket-Dan ก็เข้ามามีส่วนร่วมในเหตุการณ์นี้ด้วย แจ๊คกี้ใช้ Capture Styler เพื่อชั่วคราวควบคุมพลังของโปเกมอนเพื่อป้องกันการโจมตี ระหว่างการต่อสู้ ไข่ของมานาฟีได้ฟักออกมา แสดงให้เห็นถึงตัวมานาฟีเอง กลุ่มคนนี้จึงต้องค้นหาความลับของมงกุฎน้ำและปกป้องมานาฟีในขณะที่เดินทางไปยังวิหารน้ำ Akuusha