第13話: AcceleratorがTree Diagramの妨害を阻止し、Misakaが研究所を標的とし、Kamijouが妹を探している。
2013年7月5日 放送

Thwarted in her attempt to sabotage Tree Diagram, Misaka takes her frustration out on a nearby lab that is part of the project. Meanwhile, Accelerator and #10031 carry out their experiment, while Kamijou searches for Misaka's missing sister. (Source; FUNImation)
話数
- 第9話 · 御坂と麦野は猫と鼠の駆け引きを展開し、布束は実験を変更するために施設に潜入する
- 第10話 · 御坂美琴はフェンダの放置人形爆弾を用いて弱体化した能力を強化し、その一方で御坂美琴の順位に挑む
- 第11話 · 壊れた自販機の前で再会した御坂と上条だが、白井は二人の関係を誤解する。
- 第12話 · 御坂は実験を止めるために超電脳Tree Diagramを標的にし、上条は迷子の子猫と10032号を助ける。
- 第13話 · AcceleratorがTree Diagramの妨害を阻止し、Misakaが研究所を標的とし、Kamijouが妹を探している。
- 第14話 · 白井が遅刻のミサカを心配する中、上条は橋上でミサカと対峙する。
- 第15話 · 上条当麻が実験現場に到着し、Acceleratorと対峙する
- 第16話 · 御坂はクローン#10032を姉妹として擁護し、上条への感謝の意を表すことを求める
- 第17話 · 夏が終わる前にサテンの部屋で勉強会と持ち寄りシチューパーティーを計画する少女たち