Hakumokuren ga Saita nara

高校生のシイナ・マサキは、3年前に姿を消した少女ナギへの想いを今も胸に抱え、学校で他の女子たちからの関心を無視し続けている。そんなある日、学校に双子の新入生が転入してくる。その双子の名前はどちらもナギで、一人は男の子、もう一人は女の子だった。マサキは女の子のナギに惹かれつつも、男の子のナギには照れくささを感じ、混乱してしまう。彼の心は未だに消えたナギへの想いでいっぱいなのに、新たな二人の存在によって、ますます複雑な状況に巻き込まれていく。