Odc. 6: Shoko poświęca się, niszcząc Festum, podczas gdy Kazuki radzi sobie z pierwszym zagrożeniem.
Wyemitowano 16 sierpnia 2004

Gdy Kazuki zmaga się z początkowym Festum, Shoko prowadzi Fafner Mark Sechs, by uratować wyspę. Atakuje drugiego obcego za pomocą miny, lecz ta przebija jej maszynę. Nie mając innych opcji, Shoko wypuszcza Festum w atmosferę i uruchamia sekwencję samozniszczenia. Pozostałe dzieci są świadkami zniknięcia Shoko wraz z przypiętą do niej obcą istotą.
Odcinki
- Odc. 2 · Kazuki otrzymuje armatę szynową, by pokonać Festum, i decyduje się zostać pilotem.
- Odc. 3 · Fumihiko i dr Tomi wybierają dzieci do szkolenia pilotów Fafnera w obliczu rozpaczy rodziców i tajemniczych zjaw
- Odc. 4 · Kazuki łamie rozkazy, by uratować samolot ścigany przez Festum podczas przesuwania się wyspy.
- Odc. 5 · Hester Gallop żąda Fafnera Mark Sechs, podczas gdy Festum atakują nadchodzącą flotę i wyspę.
- Odc. 6 · Shoko poświęca się, niszcząc Festum, podczas gdy Kazuki radzi sobie z pierwszym zagrożeniem.
- Odc. 7 · Koyo żałuje Shoko, podczas gdy Sakura postrzega śmierć jako męstwo podczas treningu paintballowego i zmian chromosomowych.
- Odc. 8 · Zespół bada wyspę, podczas gdy Maya leczy rannych, a Koyo wyłania się z czerwonego rdzenia.
- Odc. 9 · Koyo atakowany przez Festum i wciągnięty do oceanu, podczas gdy jego rodzice są wygnani.
- Odc. 10 · Kazuki wspomina, jak skrzywdził Soushi, podczas gdy Hiroto buntuje się, zanim Maya przyjdzie, a Kazuki pokazuje wzrost kryształów.