第 6 集: Shoko 犧牲自我摧毀 Festum，Kazuki 應對首波威脅
2004年8月16日 播出
Kazuki 應對初期 Festum 時，Shoko 駕駛 Fafner Mark Sechs 拯救島嶼。她以礦石刀攻擊第二隻外星生物，卻遭其貫穿機體。在無計可施之下，Shoko 將 Festum 推向大氣層並啟動自毀程序。其他孩子目擊 Shoko 與附著的外星實體一同消逝。
集數
- 第 2 集 · 和月獲得軌道砲以擊敗Festum，並決定成為駕駛員。
- 第 3 集 · 深作與東美博士在父母的絕望與幽靈謎團中篩選法夫納飛行員培訓人選
- 第 4 集 · 島嶼移動期間，Kazuki違抗命令營救遭Festum追擊的飛機
- 第 5 集 · Hester Gallop 要求移交 Fafner Mark Sechs，Festum 襲擊逼近的艦隊與島嶼
- 第 6 集 · Shoko 犧牲自我摧毀 Festum，Kazuki 應對首波威脅
- 第 7 集 · 紅葉哀悼翔子，櫻在彩彈訓練中視死亡為勇氣，染色體發生變化。
- 第 8 集 · 小隊探索島嶼，Maya 救治傷員，Koyo 自紅色核心現身
- 第 9 集 · Koyo遭Festum襲擊並被拖入海中，其父母遭驅逐。
- 第 10 集 · 和樹回想起導致雙志受傷的過往，廣人抗爭，瑪雅造訪後和樹展現水晶生長。