Top wo Nerae! GunBuster

W galaktyce pojawia się rasa dużych, owadopodobnych istot, które wydają się starać się zniszczyć ludzkość, gdy ta zaczyna się rozszerzać poza Układ Słoneczny. W odpowiedzi człowiek rozwija kosmiczne bazyli i olbrzymie mecha, sterowane przez wybranych uczniów z akademii trenerskich z całego świata. Akcja zaczyna się w 2023 roku, śledząc wczesne konflikty z obcymi, i skupia się na Noriko Takaya, uczennicy jednej z takich akademii. Jej ojciec, znany kapitan floty, zginął w wczesnej bitwie, ale jej umiejętności pilotażowe pozostają niepewne. Wspólnie z Kazumi Amano, doświadczonym i uzdolnionym pilotem, Noriko w ciągu serii boryka się z traumą wojenną, sceptycyzmem innych i własnymi niepewnościami.