Tập 3: Fumihiko và Dr. Tomi chọn trẻ em để đào tạo phi công Fafner giữa tuyệt vọng của phụ huynh và bí ẩn ma quái.
Phát sóng ngày 19 tháng 7, 2004
Fumihiko và Dr. Chizuru Tomi tuyển chọn nhiều trẻ em trên đảo để nhập ngũ, gây ra sự tuyệt vọng trong hàng phụ huynh. Những ứng viên được chọn bắt đầu giai đoạn huấn luyện sơ khai để điều khiển Fafner. Đồng thời, Kazuki truy đuổi một cô gái ma đỏ và phát hiện thi thể cô bị giam giữ trong hầm cơ sở. Trong khi đảo được lên kế hoạch di dời, một máy bay trinh sát tiếp cận từ hướng bất ngờ. Một kẻ thù xuất hiện vào thời điểm then chốt này, đe dọa các hoạt động đang diễn ra và sự an toàn của các phi công được chọn trong giai đoạn huấn luyện sơ khai.
Số tập
- Tập 1 · Maya thăm Shoko ốm trước giờ học trong khi Soushi trở về từ Tokyo và mối đe dọa Festum trỗi dậy.
- Tập 2 · Kazuki nhận được súng ray để đánh bại Festum và quyết định trở thành phi công.
- Tập 3 · Fumihiko và Dr. Tomi chọn trẻ em để đào tạo phi công Fafner giữa tuyệt vọng của phụ huynh và bí ẩn ma quái.
- Tập 4 · Kazuki bất tuân lệnh để giải cứu một chiếc máy bay bị Festum truy đuổi khi hòn đảo di chuyển.
- Tập 5 · Hester Gallop yêu cầu chuyển giao Fafner Mark Sechs trong khi Festum tấn công hạm đội và hòn đảo đang tiến lại gần.
- Tập 6 · Shoko hy sinh bản thân để tiêu diệt Festum trong khi Kazuki đối phó với mối đe dọa đầu tiên.
- Tập 7 · Koyo thương tiếc Shoko trong khi Sakura xem cái chết là dũng cảm trong buổi tập bắn sơn và sự thay đổi nhiễm sắc thể.