Tập 2: Kazuki nhận được súng ray để đánh bại Festum và quyết định trở thành phi công.
Phát sóng ngày 12 tháng 7, 2004
Festum dự đoán được những chuyển động của Kazuki, nhưng cậu được cung cấp một khẩu súng ray vào phút chót để đánh bại kẻ thù. Sau đó, nhiều đứa trẻ vẫn không biết về sự tham gia của cha mẹ chúng trong các cuộc xâm lược của người ngoài hành tinh trước đây. Soushi tiết lộ với Kazuki rằng Nhật Bản đã bị phá hủy hai mươi chín năm trước. Khi trở về nhà, Kazuki thông báo cho cha mình, Fumihiko Makabe, về quyết định trở thành phi công của cậu. Trong buổi huấn luyện đầu tiên, Kazuki mặc thử bộ đồ synergetic lần đầu tiên.
Số tập
- Tập 1 · Maya thăm Shoko ốm trước giờ học trong khi Soushi trở về từ Tokyo và mối đe dọa Festum trỗi dậy.
- Tập 2 · Kazuki nhận được súng ray để đánh bại Festum và quyết định trở thành phi công.
- Tập 3 · Fumihiko và Dr. Tomi chọn trẻ em để đào tạo phi công Fafner giữa tuyệt vọng của phụ huynh và bí ẩn ma quái.
- Tập 4 · Kazuki bất tuân lệnh để giải cứu một chiếc máy bay bị Festum truy đuổi khi hòn đảo di chuyển.
- Tập 5 · Hester Gallop yêu cầu chuyển giao Fafner Mark Sechs trong khi Festum tấn công hạm đội và hòn đảo đang tiến lại gần.
- Tập 6 · Shoko hy sinh bản thân để tiêu diệt Festum trong khi Kazuki đối phó với mối đe dọa đầu tiên.