3화: 후미히코와 토미 박사가 부모의 절망과 유령의 수수께끼 속에서 파프너 조종사 훈련을 위한 아이들을 선발하다
2004년 7월 19일 방영
후미히코와 치즈루 토미 박사가 섬의 아이들을 여러 명 선발하여 입대시키자 부모들은 절망에 빠진다. 선발된 후보자들은 파프너 조종사로서의 초기 훈련을 시작한다. 한편 카즈키는 붉은색 여성 유령을 쫓다가 그 시신이 기지 지하에 갇혀 있는 것을 발견한다. 섬의 이주가 예정된 가운데 예기치 않은 방향에서 탐색기가 접근한다. 이 위급한 순간에 적군이 나타나 ongoing 작전과 초기 훈련 단계에 있는 선발 조종사들의 안전을 위협한다.
에피소드 수
- 1화 · 학교 가기 전 아픈 쇼코를 방문한 마야, 도쿄에서 돌아온 소우시와 등장하는 페스텀 위협
- 2화 · Kazuki는 Festum을 물리치기 위해 레일건을 받고 조종사가 되기로 결심한다.
- 3화 · 후미히코와 토미 박사가 부모의 절망과 유령의 수수께끼 속에서 파프너 조종사 훈련을 위한 아이들을 선발하다
- 4화 · 섬이 이동하며 Festum에게 쫓기는 비행기를 구하기 위해 Kazuki가 명령을 어긴다
- 5화 · Hester Gallop이 Festum의 기습 공격 중 approaching fleet과 섬을 향해 Fafner Mark Sechs를 요청하다
- 6화 · 쇼코가 페스텀을 파괴하기 위해 자신을 희생하고 카즈키가 첫 번째 위협을 처리한다
- 7화 · 코요는 쇼코를 애도하고 사쿠라는 페인트볼 훈련 중 죽음을 용기로 여기며 염색체 변화가 일어난다