第 17 集: 瑪雅分享數據，恭平報告由紀的犧牲，椿的身份揭曉，卡農啟動芬里爾系統
2004年11月1日 播出
瑪雅將研究數據提供給文彥，恭平揭露由紀為摧毀實驗室中的Festums而犧牲。目前身在Alvis基地的椿被確認是Soushi的妹妹。Michio奉命離開島嶼，而Canon則被要求留下。Yukie將一艘潛艇部署至島嶼附近，並啟動芬里爾系統的自啟動序列。察覺此事後，Michio向基地警告迫在眉睫的危險。恭平試圖禁用該序列，但Canon覆蓋了系統指令。Michio攔截了艦隊發射的導彈。已解除 probation 的Kazuki與Canon對峙，並成功說服她解除序列。
集數
- 第 13 集 · 光弘闡述日本遭毀滅與 Festum 種族滅絕之始，赫斯特展示新武器。
- 第 14 集 · Maya與Kyouhei在Neo UN入侵Alvis基地奪取Festum核心時救出Kazuki
- 第 15 集 · 和樹在熔岩坑中與伊敦對峙，並回顧過去的創傷與水晶植入經歷
- 第 16 集 · 新聯合國艦隊確保阿爾維斯基地，瀨里與椿在費斯特姆襲擊前重逢。
- 第 17 集 · 瑪雅分享數據，恭平報告由紀的犧牲，椿的身份揭曉，卡農啟動芬里爾系統
- 第 18 集 · 道子和卡農安頓下來，而光弘在監護權審判中挑戰瑪雅的偽造測試結果
- 第 19 集 · 瑪雅進行狙擊手訓練，飛行員於骨祭通知期間迎戰Festum攻擊
- 第 20 集 · 燈籠準備啟動，Canon 與 Sakura 在外星入侵後和解
- 第 21 集 · 櫻華於週末訓練前放鬆，文彥懷疑外星人調虎離山