第 13 集: 光弘闡述日本遭毀滅與 Festum 種族滅絕之始，赫斯特展示新武器。
2004年10月4日 播出
光弘·貝爾特蘭指出，三十年前日本因核心毒素而毀滅，導致絕育並標誌著 Festum 種族滅絕的開始。在 Alvis 基地，基因改造使兒童獲得免疫力。赫斯特欺騙性地宣布一種能擊敗 Festum 的新武器，並展示 Fafner Mark Elf。五年前離開島嶼為 Neo UN 艦隊研發武器的日野洋二，向一樹提供職位。Grendel Type Festum 入侵 Moldova，促使一樹反擊。此情節將歷史災難與當前軍事發展及個人聯盟相連結，隨著衝突升級，對抗外星威脅的戰役愈演愈烈。
集數
- 第 9 集 · Koyo遭Festum襲擊並被拖入海中，其父母遭驅逐。
- 第 10 集 · 和樹回想起導致雙志受傷的過往，廣人抗爭，瑪雅造訪後和樹展現水晶生長。
- 第 11 集 · 和雪江搭乘法夫納 Mark Elf 離開島嶼，抵達城市並遭遇 Festum 及被 Neo UN 部隊逮捕
- 第 12 集 · 真渡等人駕駛法夫納迎戰 Festum，一樹面臨禁閉，宗司的隱藏情感浮現
- 第 13 集 · 光弘闡述日本遭毀滅與 Festum 種族滅絕之始，赫斯特展示新武器。
- 第 14 集 · Maya與Kyouhei在Neo UN入侵Alvis基地奪取Festum核心時救出Kazuki
- 第 15 集 · 和樹在熔岩坑中與伊敦對峙，並回顧過去的創傷與水晶植入經歷
- 第 16 集 · 新聯合國艦隊確保阿爾維斯基地，瀨里與椿在費斯特姆襲擊前重逢。
- 第 17 集 · 瑪雅分享數據，恭平報告由紀的犧牲，椿的身份揭曉，卡農啟動芬里爾系統