第 23 集: 由紀被伊登同化，和樹與同伴們在失去與宗史失蹤的陰影中掙扎。
2004年12月13日 播出
在 Neo UN 開發基地，由紀接受駕駛 Fafner Mark Nicht 的測試，但已化為人形的 Idun 將她同化並摧毀了設施。另一方面，和樹、Maya 與 Canon 在 Mamoru 死後，未能將 Kenji 送回 Alvis 基地。宗史被困於 Siegfried System 中，面對自己的過去，而和樹與椿則試圖營救他。Idun 突然襲擊島嶼，企圖同化整個基地。Maya、Michio 與 Canon 前去攔截，卻輕易被擊敗。Michio 啟動自毀程序以彈射逃生，卻遭俘虜並死於爆炸。最終，宗史隨著 Siegfried System 一同消失，令和樹怒不可遏。