Ep. 50: El Arcángel y el Eterno libran una batalla para evitar el uso de armas de destrucción masiva.
El Arcángel, el Eterno y el Kusanagi intervienen para impedir que ambas facciones desplieguen armas de destrucción masiva. Rau destruye la nave de escape de Flay, lo que resulta en la muerte de todos los pasajeros. El espíritu de Flay aparece posteriormente ante un Kira afligido para ofrecerle disculpas y agradecimiento. Mientras tanto, Patrick Zala es ejecutado por un oficial tras elegir sacrificar a sus propias tropas para lograr la victoria. Kira destruye la Providence utilizando el Freedom, mientras que Athrun detona a distancia el Justice para eliminar el GENESIS. Con las fuerzas de los PLANTs y la Alianza de la Tierra en el caos, una facción moderada y disidente dentro de los PLANTs pide un alto al fuego, lo que efectivamente pone fin a la guerra.
Episodios
- Ep. 46 · Flay escapa de Rau con los datos del Jammer de Neutrones mientras Kira la rescata a gran costo para el Freedom.
- Ep. 47 · La Alianza de la Tierra ataca a los PLANTs con armas nucleares mientras Freedom y Justice interceptan ojivas.
- Ep. 48 · GENESIS ataca a las fuerzas de la Alianza Terrestre mientras las tripulaciones oran por su seguridad
- Ep. 49 · Las fuerzas de la Alianza Terrestre fracasan cuando Mu se sacrifica para salvar al Archangel del ataque final de Muruta.
- Ep. 50 · El Arcángel y el Eterno libran una batalla para evitar el uso de armas de destrucción masiva.