Ep. 50: Sang Malaikat Agung dan Sang Kekal Abadi terlibat pertempuran untuk mencegah penggunaan senjata pemusnah massal.
Sang Malaikat Agung, Sang Kekal Abadi, dan Kusanagi turun tangan untuk menghentikan kedua belah pihak dari penyebaran senjata pemusnah massal. Rau menghancurkan kapal pelarian Flay, yang mengakibatkan kematian seluruh penumpangnya. Roh Flay kemudian muncul kepada Kira yang berduka untuk memberikan permintaan maaf dan rasa terima kasih. Sementara itu, Patrick Zala dieksekusi oleh seorang perwira setelah memilih untuk mengorbankan pasukannya sendiri demi kemenangan. Kira menghancurkan Providence menggunakan Freedom, sementara Athrun meledakkan Justice dari jarak jauh untuk menyingkirkan GENESIS. Dengan pasukan PLANT dan Aliansi Bumi yang kacau balau, faksi pemberontak moderat di dalam PLANT menyerukan gencatan senjata, yang secara efektif mengakhiri perang tersebut.
Episode
- Ep. 46 · Flay melarikan diri bersama data Neutron Jammer sementara Kira menyelamatkan dengan mengorbankan Freedom.
- Ep. 47 · Aliansi Bumi menyerang PLANTs dengan senjata nuklir sementara Freedom dan Justice mencegat hulu ledak.
- Ep. 48 · GENESIS menyerang pasukan Aliansi Bumi dengan laser sementara awak berdoa demi keselamatan
- Ep. 49 · Pasukan Aliansi Bumi gagal saat Mu mengorbankan dirinya untuk menyelamatkan Archangel dari serangan terakhir Muruta.
- Ep. 50 · Sang Malaikat Agung dan Sang Kekal Abadi terlibat pertempuran untuk mencegah penggunaan senjata pemusnah massal.