Ep. 50: L'Arcangelo e l'Eterno si scontrano per impedire l'uso di armi di distruzione di massa.
In onda il 27 settembre 2003
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L'Arcangelo, l'Eterno e il Kusanagi intervengono per impedire a entrambe le fazioni di schierare armi di distruzione di massa. Rau distrugge la navetta di fuga di Flay, causando la morte di tutti i passeggeri. Lo spirito di Flay appare successivamente a un Kira in lutto per offrirgli scuse e gratitudine. Nel frattempo, Patrick Zala viene giustiziato da un ufficiale dopo aver scelto di sacrificare le proprie truppe per la vittoria. Kira distrugge la Providence utilizzando la Freedom, mentre Athrun fa esplodere a distanza la Justice per eliminare il GENESIS. Con le forze dei PLANT e dell'Alleanza Terrestre in caos, una fazione moderata e ribelle all'interno dei PLANT chiede un cessate il fuoco, ponendo di fatto fine alla guerra.
Episodi
- Ep. 46 · Flay fugge da Rau con i dati del Neutron Jammer mentre Kira la salva con grande sacrificio per la Freedom.
- Ep. 47 · L'Alleanza Terrestre attacca i PLANT con armi nucleari mentre Freedom e Justice intercettano le testate.
- Ep. 48 · GENESIS colpisce le forze dell'Alleanza Terrestre mentre gli equipaggi pregano per la sicurezza
- Ep. 49 · Le forze dell'Alleanza Terrestre falliscono mentre Mu si sacrifica per salvare l'Archangel dall'attacco finale di Muruta.
- Ep. 50 · L'Arcangelo e l'Eterno si scontrano per impedire l'uso di armi di distruzione di massa.