Ep. 13: Investigación sobre los orígenes de Quon y el experimento del primer espécimen humano
Emitido el 8 de mayo de 2002

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Surgen dudas sobre la identidad de Quon, ya que Itsuki afirma que es su hermana, aunque las pruebas sugieren lo contrario. Sayoko se pregunta cómo apareció Quon junto a Ayato en el RahXephon, lo que lleva a Haruka a investigar mientras su propio pasado es cuestionado. Futagami le muestra a Haruka los historiales médicos del experimento del primer espécimen humano. Esa noche, Itsuki intenta acercarse a Haruka, pero Ayato los interrumpe. Quon detecta un Dolem en órbita, revelando su conexión con Maya. Ayato pilota el RahXephon para perforar al Dolem, confirmando que Quon fue el sujeto del experimento del primer espécimen humano.
Episodios
- Ep. 9 · Ayato y Quon visitan un santuario misterioso el primer día del año mientras Haruka los busca.
- Ep. 10 · Quon toca una melodía extraña mientras Kunugi busca el cierre para su hija Michiru
- Ep. 11 · Ayato enfrenta el fallo del soporte vital y encuentros surrealistas mientras confronta su destino como instrumentalista de RahXephon.
- Ep. 12 · Quon desaparece del hospital mientras Ayato enfrenta a un Dolem que amenaza al RahXephon.
- Ep. 13 · Investigación sobre los orígenes de Quon y el experimento del primer espécimen humano
- Ep. 14 · Toma corporativa de Quon y el descubrimiento por parte de Ayato de su herencia Mulian
- Ep. 15 · Itsuki, Helena e Isshiki viven como estudiantes mientras Makoto recuerda proteger a una Muñeca de Barro
- Ep. 16 · Ayato considera regresar a Tokyo Jupiter mientras lidia con verdades ocultas sobre su identidad Mulian.
- Ep. 17 · Elvy persigue a Ayato y a Quon mientras el RahXephon enfrenta amenazas de Dolem en Tokyo Jupiter.