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Dos sistemas de inteligencia artificial, Quark y Lepton, controlan la mayoría de los aspectos de la vida en Japón. Después de que su creadora, Kiyomi Tanabe, muriera sin revelar su diseño, ninguno de los dos ha permitido la supervisión humana. En 2018, Naoki, el hijo de Kiyomi, es un estudiante de secundaria que lleva una vida normal hasta que vuelve a conectar con su amiga de la infancia Aya. Ella le advierte que las autoridades intentan ponerlo bajo custodia, lo que hace que su vida cambie drásticamente.