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Deux systèmes d'intelligence artificielle, Quark et Lepton, gèrent la plupart des aspects de la vie au Japon. Après la mort de leur créatrice, Kiyomi Tanabe, sans révéler leur conception, aucun n'a autorisé la surveillance humaine. En 2018, Naoki, le fils de Kiyomi, est un lycéen menant une vie normale lorsqu'il se réconcilie avec son amie d'enfance Aya. Elle lui fait savoir que les autorités cherchent à le placer en garde, ce qui bouleverse radicalement sa vie.