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일본에서 대부분의 삶의 측면을 관리하는 인공지능 시스템인 Quark와 Lepton이 있다. 이 시스템들의 설계를 공개하지 않은 채 창조자인 키요미 타나베가 사망하자, 두 시스템은 인간의 감독을 허용하지 않았다. 2018년, 키요미의 아들 나오키는 평범한 고등학생으로 일상을 보내고 있을 때, 어린 시절 친구 아야와 다시 연락을 한다. 아야는 그를 당국이 인수하려 한다고 경고하며, 나오키의 삶을 급격하게 바꾸게 된다.