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Due sistemi di intelligenza artificiale, Quark e Lepton, gestiscono la maggior parte degli aspetti della vita in Giappone. Dopo la morte del loro creatore, Kiyomi Tanabe, che non ha mai rivelato il loro progetto, nessuno dei due ha mai permesso il controllo umano. Nel 2018, Naoki, il figlio di Kiyomi, è uno studente delle superiori che vive una vita normale quando si riconnette con la sua amica d'infanzia Aya. Lei lo avverte che le autorità stanno cercando di metterlo in custodia, causando un cambiamento drastico nella sua vita.