Persona x Tantei Naoto

یک سال پس از وقایع Persona 4، ناوتو توسط تائوکو آئی، یک کارآگاه سابق، برای بررسی ناپدید شدن دو دانش‌آموز از یاکاکورو فراخوانده می‌شود. او با سوسی کوروگامی، یک کارآگاه مکانیکی که رویکرد و شخصیتش به شدت با او متفاوت است، هم‌تیمی می‌شود. در اولین دیدارشان، ناوتو پرسیونا جدیدی به نام آماتسو میکابوشی به دست می‌آورد که توانایی تسوکویومی سوسی را تقویت می‌کند. آن‌ها به سایت میدنایت، یک پلتفرم آنلاین که در آن پنج قاضی با نام‌های شخصیت‌های اسطوره‌ای ژاپنی بر دیگران حکم صادر می‌کنند، دست می‌یابند. پرونده پیچیده‌تر می‌شود زمانی که یکی از قاضیان کشته شده و شواهدی قتل را به یک افسر گمشده پلیس ربط می‌دهد. ناوتو و سوسی تلاش می‌کنند تا قاضیان باقی‌مانده را شناسایی کنند و فرد مسئول قتل‌ها را پیدا کنند.