Persona x Tantei Naoto

퍼소나 4의 사건이 일어난 지 1년 후, 나오토는 전직 탐정인 아오이 투코로부터 야가쿠로의 두 학생이 사라진 사건을 조사하라는 요청을 받는다. 그녀는 자신의 방식과 성격이 극명하게 대조되는 기계 탐정 쿠로가미 쇼세이와 팀을 이루어 사건을 수사하게 된다. 처음 만난 자리에서 나오토는 새로운 퍼소나인 아마츠 미카보시를 얻게 되어 쿠로가미의 츠쿠요미 능력을 강화시킨다. 두 사람은 일본 신화 속 인물의 이름을 딴 다섯 명의 판사가 타인을 판단하는 온라인 플랫폼 '미드나잇 사이트'를 발견하게 되고, 사건은 한 판사가 살해된 채 발견되면서 더 복잡해진다. 살인 현장에서는 실종된 경찰관과 연결된 단서가 발견된다. 나오토와 쿠로가미는 남은 판사들을 특정하고 살인 사건의 진범을 밝혀내기 위해 수사에 돌입한다.