Persona x Tantei Naoto

หนึ่งปีหลังเหตุการณ์ใน Persona 4 นาโอโตะถูกนักสืบเก่าชื่อ ทูโกะ อาโออิ ขอให้ช่วยสืบคดีการหายตัวไปของนักเรียนสองคนจากมหาวิทยาลัยยาการุโระ เธอถูกจับคู่กับ โซเซย์ คูโรกามิ นักสืบกลที่มีวิธีคิดและบุคลิกต่างจากเธออย่างชัดเจน ในช่วงแรกของการพบกัน นาโอโตะได้รับเพอร์โซนาใหม่ชื่อ อามาสึ มิคาบอชิ ซึ่งช่วยเสริมความสามารถ ซูคุโยมิ ของโซเซย์ ทั้งคู่ค้นพบเว็บไซต์ชื่อ Midnight Site ที่มีผู้พิพากษาห้าคน ซึ่งมีชื่อตามตัวละครในตำนานญี่ปุ่น คอยตัดสินผู้อื่น คดีเริ่มซับซ้อนเมื่อผู้พิพากษาคนหนึ่งถูกพบว่าเสียชีวิต โดยหลักฐานเชื่อมโยงการฆาตกรรมกับตำรวจที่หายตัวไป นาโอโตะและโซเซย์ต้องพยายามระบุผู้พิพากษาที่เหลือและค้นหาผู้อยู่เบื้องหลังการฆาตกรรม