Persona x Tantei Naoto

『パーソナ4』の出来事から1年後、直虎学園から2人の生徒が行方不明になったことを受けて、元探偵の藤子青羽から呼び出された直斗は、機械的な探偵である黒神蒼星とともに事件の真相を追うことになります。彼女の機械的な探偵としてのアプローチや性格は直斗のそれと対照的ですが、初対面の際、直斗は新たなパーソナ「天照三貴子（アマツミカボシ）」を獲得し、蒼星の「月読（つくよみ）」能力を強化します。2人は「ミッドナイト・サイト」というオンラインプラットフォームを発見し、そこでは日本の神話上の存在に名付けられた5人の審判官が他者に判断を下していることを知ります。事件はさらに複雑化していき、審判官の1人が殺害され、その殺人現場から行方不明になった警察官との関連が見つかります。直斗と蒼星は残りの審判官の正体を突き止め、殺人に関わっている人物を特定するため、真相を追い求めます。