Kidou Senkan Nadesico: The prince of darkness

Dalawang taon matapos ang mga pangyayari sa "Martian Successor Nadesico," nawawala sina Akito at Yurika. Nakipag-alyansa ang mga Jovian at mga taga-Earth, kung saan si Ruri na ngayon ang nag-uutos sa Nadesico B. Habang nagiging popular ang Boson Jumping, nabuo ang isang sistema ng transportasyong tinatawag na Hisago Plan na gumagamit ng mga Chulip portal upang siyasatin ang Bose particles at ang kanilang potensiyal. Lumitaw ang mga pangamba kung gagamitin nang maling paraan ang kaalamang ito. Sinimulan ng isang Martian faction ang pananalakay, kaya naguluhan at nahirapan ang United Forces. Bilang tugon, muling pinakilos ang orihinal na crew ng Nadesico para sa lihim na misyon upang maiwasan ang sakuna. Walang katiyakan ang magiging hantungan ng labanan para sa Boson technology, gayundin ang kinabukasan nina Akito at Yurika.