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Un désastre mondial connu sous le nom de « Hammer of Eden » a tué six milliards de personnes et noyé 90 % des terres. Quatorze ans plus tard, une nouvelle Organisation des Nations Unies a été créée pour promouvoir la paix dans un monde ravagé. Un garçon nommé Keel vit à Yabitsu, une ville qui a prospéré grâce à l'énergie d'un générateur nucléaire introduit après la catastrophe. Aoi, une parente de Keel, occupe le poste de secrétaire générale de la nouvelle Organisation des Nations Unies et pense que cette catastrophe offre une chance de construire un monde coopératif au-delà des divisions raciales et religieuses. Ses tentatives pour réaliser cette vision rencontrent la résistance des nations réticentes à s'adapter. Gould, un chef militaire, affirme que seule la force militaire peut établir l'ordre. Avec le sous-marin nucléaire Ulysses et son équipage, qui comprend le frère de Keel, Tean, Gould lance un coup d'État et attaque Yabitsu pour défier la nouvelle Organisation des Nations Unies.