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Un disastro globale noto come "Hammer of Eden" ha ucciso sei miliardi di persone e sommerso il 90% della terra. Quattordici anni dopo, è stata istituita la Nuova Organizzazione delle Nazioni Unite per promuovere la pace nel mondo devastato. Un ragazzo di nome Keel vive a Yabitsu, un paese che ha prosperato grazie all'energia di un generatore nucleare introdotto dopo la catastrofe. Aoi, una parente di Keel, è la segretaria generale della Nuova Organizzazione delle Nazioni Unite e crede che il disastro offra l'occasione per costruire un mondo cooperativo al di là delle divisioni razziali e religiose. Le sue iniziative per realizzare questa visione incontrano però l'opposizione da parte di nazioni riluttanti a cambiare. Gould, un leader militare, sostiene che solo la forza militare possa instaurare l'ordine. Con la nave sottomarina nucleare Ulysses e la sua ciurma, che include il fratello di Keel, Tean, Gould lancia un colpo di Stato e attacca Yabitsu per sfidare la Nuova Organizzazione delle Nazioni Unite.