Ep. 46: Flay melarikan diri bersama data Neutron Jammer sementara Kira menyelamatkan dengan mengorbankan Freedom.
Tayang pada 30 Agustus 2003
Flay, yang sebelumnya ditahan oleh Rau, ditempatkan dalam kapsul kehidupan yang berisi data Neutron Jammer Canceller. Ia berhasil mengirimkan informasi tersebut ke Dominion dan Archangel. Mendengar transmisi itu, Kira bergegas menyelamatkan Flay namun meninggalkan mobile suit-nya, Freedom, tanpa penjaga, sehingga Freedom tertembak di bagian kepala. Athrun turun tangan untuk menyelamatkan Freedom dan mengembalikannya ke Archangel. Dominion mengamankan Flay, memungkinkan Muruta Azreal mencapai tujuannya yang semula. Kemudian, di Eternal, Kira pingsan. Setelah sadar, ia dihibur oleh teman-temannya dan Lacus, yang membantunya melepaskan tekanan mental yang terakumulasi.
Episode
- Ep. 42 · Lacus dan Andrew Waltfeld menyelamatkan Athrun dan membentuk Aliansi Tiga Kapal
- Ep. 43 · Aliansi Tiga Kapal berlindung di koloni Mendel sementara ZAFT dan Pasukan Aliansi Bumi melacak mereka.
- Ep. 44 · Mu dan Dearka memasuki koloni untuk menghadapi Rau sementara Kira tiba untuk membantu mereka.
- Ep. 45 · Kira dan Mu menghadapi Rau sementara Dearka dan Yzak mempertanyakan tujuan mereka saat pasukan terlibat pertempuran
- Ep. 46 · Flay melarikan diri bersama data Neutron Jammer sementara Kira menyelamatkan dengan mengorbankan Freedom.
- Ep. 47 · Aliansi Bumi menyerang PLANTs dengan senjata nuklir sementara Freedom dan Justice mencegat hulu ledak.
- Ep. 48 · GENESIS menyerang pasukan Aliansi Bumi dengan laser sementara awak berdoa demi keselamatan
- Ep. 49 · Pasukan Aliansi Bumi gagal saat Mu mengorbankan dirinya untuk menyelamatkan Archangel dari serangan terakhir Muruta.
- Ep. 50 · Sang Malaikat Agung dan Sang Kekal Abadi terlibat pertempuran untuk mencegah penggunaan senjata pemusnah massal.