Ep. 44: Mu dan Dearka memasuki koloni untuk menghadapi Rau sementara Kira tiba untuk membantu mereka.
Tayang pada 9 Agustus 2003
Pasukan Dominion mundur dari medan perang agar para pilot dapat menerima perawatan medis yang diperlukan. Setelah penarikan ini, Mu La Flaga dan Dearka Elsman menyusup ke dalam koloni Mendel dengan tujuan menghadapi Rau Le Creuset dan Yzak Joule. Selama konfrontasi tersebut, Kira Yamato tiba untuk membantu mereka. Kelompok itu terkejut ketika Rau Le Creuset mengungkapkan beberapa rahasia tersembunyi, membuat Kira dan Mu terkejut dengan penemuan tersebut. Pertemuan ini menandai titik balik yang signifikan saat para pilot menjelajahi kebenaran kompleks yang terungkap di dalam koloni.
Episode
- Ep. 40 · Serangan Aliansi Bumi gagal saat pemimpin Orb mengorbankan diri untuk menghancurkan pabrik
- Ep. 41 · Cagalli confronted Kira dengan foto misterius sementara Lacus menyiarkan kontra-propaganda setelah pembunuhan ayahnya.
- Ep. 42 · Lacus dan Andrew Waltfeld menyelamatkan Athrun dan membentuk Aliansi Tiga Kapal
- Ep. 43 · Aliansi Tiga Kapal berlindung di koloni Mendel sementara ZAFT dan Pasukan Aliansi Bumi melacak mereka.
- Ep. 44 · Mu dan Dearka memasuki koloni untuk menghadapi Rau sementara Kira tiba untuk membantu mereka.
- Ep. 45 · Kira dan Mu menghadapi Rau sementara Dearka dan Yzak mempertanyakan tujuan mereka saat pasukan terlibat pertempuran
- Ep. 46 · Flay melarikan diri bersama data Neutron Jammer sementara Kira menyelamatkan dengan mengorbankan Freedom.
- Ep. 47 · Aliansi Bumi menyerang PLANTs dengan senjata nuklir sementara Freedom dan Justice mencegat hulu ledak.
- Ep. 48 · GENESIS menyerang pasukan Aliansi Bumi dengan laser sementara awak berdoa demi keselamatan