9S

Di masa depan yang jauh di mana ilmu pengetahuan canggih mendominasi, seorang tokoh yang dikenal sebagai Ilmuwan Gila, Mineshima Yujiro, menghilang beberapa tahun sebelum cerita dimulai. Karyanya yang disebut secara kolektif sebagai 'Legacy' menjadi incaran berbagai kelompok, termasuk pemerintah dan teroris, dengan berbagai motif masing-masing. Di antara karyanya terdapat seorang gadis yang memiliki kecerdasan komputasi luar biasa, bahkan melampaui superkomputer, serta bentuk fisik yang memperkuat kemampuan luar biasa tersebut.