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In un futuro lontano dominato dalla scienza avanzata, una figura conosciuta come il Mago della Scienza, Mineshima Yujiro, scomparve anni prima dell'inizio della storia. Le sue creazioni, collettivamente definite 'Legacy,' vengono inseguite da diversi gruppi, tra cui governi e terroristi, per motivi differenti. Tra queste creazioni c'è una ragazza che possiede un'intelligenza computazionale straordinaria, superiore a quella dei supercomputer, e una forma fisica che potenzia le sue notevoli capacità.