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과학이 극도로 발전한 먼 미래, 이야기 시작 수년 전에 마드 사이언티스트라 불리는 미네시마 유지로라는 인물이 사라졌다. 그가 남긴 창작물들은 '레거시'라는 이름으로 통칭되며, 정부나 테러 조직 등 다양한 세력들이 각자의 목적을 위해 이를 둘러싸고 경쟁한다. 그 창작물 중 하나는 초거대 컴퓨터를 능가하는 뛰어난 계산 능력을 지닌 소녀로, 그녀의 육체 역시 그 위력적인 능력을 극대화하는 구조를 가지고 있다.