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Num futuro distante dominado pela ciência avançada, uma figura conhecida como o Cientista Louco, Mineshima Yujiro, desapareceu anos antes do início da história. Suas criações, coletivamente chamadas de "Legacy", são perseguidas por diversos grupos, incluindo governos e terroristas, cada um com motivações diferentes. Entre essas criações está uma menina que possui uma inteligência computacional extraordinária, superando a de supercomputadores, e um corpo físico que potencializa suas habilidades impressionantes.